Prokuratura Regionalna w Krakowie prowadzi śledztwo dotyczące przekroczenia uprawnień i niedopełnienia obowiązków przez funkcjonariuszy różnych służb, w tym Centralnego Biura Antykorupcyjnego. Prowadzone jest ono od grudnia 2015 roku.
19 lipca prokurator ogłosił zarzuty Pawłowi W., który w latach 2009 – 2015 był szefem Centralnego Biura Antykorupcyjnego. Podejrzany jest on o to, że w związku z pełnioną funkcją nie dopełnił ciążącego na nim obowiązku związanego między innymi z rozpoznawaniem, zapobieganiem i wykrywaniem przestępstw przeciwko działalności instytucji państwowych, do czego zobowiązane było kierowane przez niego Biuro.
Powziąwszy informacje wskazujące na uzasadnione podejrzenie popełnienia przez podległego mu funkcjonariusza – Dyrektora Delegatury CBA w Warszawie, przestępstwa przekroczenia uprawnień w celu osiągnięcia korzyści majątkowej lub osobistej, podejrzany Paweł W., wbrew obowiązkowi, nie złożył do właściwej miejscowo i rzeczowo prokuratury zawiadomienia o podejrzeniu popełnienia przestępstwa.
Ponadto Paweł W. 3 kwietnia 2012 roku podjął decyzję, w wyniku której zniszczono materiały mogące stanowić dowód w tym postępowaniu. Działając w ten sposób był szef CBA pomógł ówczesnemu Dyrektorowi Delegatury CBA w Warszawie w uniknięciu odpowiedzialności karnej. W ten sposób w okresie od 14 października 2011 roku do 25 maja 2015 roku Paweł W. działał na szkodę interesu publicznego oraz Centralnego Biura Antykorupcyjnego.
Postępowanie, w toku którego zarzuty usłyszał Paweł W., ma charakter niejawny. W zakresie czynów popełnionych przez ówczesnego Dyrektora Delegatury CBA w Warszawie toczy się odrębne postępowanie karne.
